GPU超算全球率先模拟完整的H1N1病毒

    泡泡网显卡频道11月23日 英伟达(NVIDIA)公司今天宣布，中国研究人员现已在对抗流感的竞赛中取得了重大突破，利用英伟达Tesla GPU率先在世界上在原子级别上实现了使用计算机模拟整个H1N1流感病毒。

    中国科学院过程工程研究所 (CAS-IPE) 的研究人员 正在利用分子动力学模拟来作为窥探H1N1病毒原子结构的“计算显微镜”。Mole-8.5 GPU加速的超级计算机包含2200多颗英伟达Tesla GPU，利用该计算机，研究人员能够模拟整个H1N1流感病毒，从而能够证实当前针对该病毒的理论和实验认识。

    中科院过程工程研究所助理教授任瑛博士表示：“Mole-8.5 GPU超级计算机让我们能够实现此前完全不可能的科学研究。我们会为了控制流行病和制造抗病毒药物而开发出更有效的方法，在这一过程中，这种研究工作是非常重要的一步。”

    在实验室的试验中研究细菌和病毒是非常困难的，因为反应通常过于迅速而微妙，难以捕捉。在合适的环境条件下模拟数十亿个粒子极其复杂，在此之前超级计算机无法胜任。

    中科院过程工程研究所的研究人员通过开发出可利用GPU加速的分子动力学模拟软件，从而在模拟上实现了突破。 该软件在 Mole-8.5 GPU超级计算机上运行，这台超级计算机由288个服务器节点组成。 该系统每天能够完成 770 皮秒的模拟，3亿个原子或原子团的积分时间步长为1飞秒。  

    在中国，还有很多各种各样的科学研究正在进行，这些研究项目均利用配备 GPU 的高性能计算系统：

    ● 湍流模拟 —— 从研究飓风的形成到研究化工行业的混合过程，模拟湍流对诸多研究项目来说至关重要。  这一工作是由北京大学的研究人员完成的，他们利用位于天津超级计算中心的天河一号A GPU超级计算机来实现模拟。  

    ● 天气建模 —— 国防科技大学的研究人员利用天河一号A系统的WRF天气预报模型，模拟了一个长波辐射物理学模型，叫做RRTM_LW。GPU加速的模型实现了性能翻倍，让预报人员能够以更加精细的细节和分辨率创建天气模型。

    ● 聚变能模拟 —— 美国加州大学欧文分校的物理学家通过ITER聚变能研究项目的国际合作，正在利用天河一号A GPU超级计算机来加速Gyrokinetic Torodial Code聚变能模拟软件。

    如需了解中科院过程工程研究所的更多信息，敬请访问：http://english.ipe.cas.cn/。 点此了解高性能计算英伟达Tesla GPU的更多信息。■